Flore intestinale ou microbiote : Quelles différences ?

La réponse courte : c'est la même chose

Flore intestinale et microbiote intestinal désignent le même écosystème l'ensemble des micro-organismes qui vivent dans votre intestin. Si vous avez l'habitude d'utiliser l'expression « flore intestinale », vous n'êtes pas dans l'erreur. Vous utilisez simplement un terme scientifiquement dépassé.

Depuis les années 2000, la communauté scientifique internationale a progressivement abandonné le terme « flore intestinale » au profit de « microbiote intestinal ». Ce changement n'est pas anodin, il reflète une compréhension beaucoup plus fine et complète de ce qui vit dans notre intestin.

Pourquoi a-t-on abandonné le terme « flore intestinale » ?

Le terme « flore » vient du latin flora, qui désigne le monde végétal. Il a été utilisé pendant des décennies pour désigner les bactéries intestinales, par analogie avec un jardin ou une végétation. On parlait aussi de « flore bactérienne » ou de « flore microbienne ».

Mais ce terme posait un problème fondamental : il laissait entendre que les micro-organismes intestinaux étaient des végétaux, ce qui est faux. Les bactéries ne sont ni des plantes ni des animaux. Elles constituent un règne à part entière.

Plus important encore : le terme « flore » ne reflétait pas la véritable diversité de l'écosystème intestinal. On sait aujourd'hui que l'intestin abrite non seulement des bactéries, mais aussi des virus, des champignons, des archées et d'autres micro-organismes. Parler de « flore » réduisait cette complexité à sa seule composante bactérienne.

Ce que « microbiote » apporte de plus précis

Le terme « microbiote » (du grec mikros = petit et bios = vie) désigne l'ensemble des micro-organismes vivants qui colonisent un environnement donné. Il est à la fois plus exact et plus inclusif :

• Plus exact : il ne fait aucune confusion avec le monde végétal
  
• Plus inclusif : il englobe toute la diversité microbienne — bactéries, virus, champignons, archées, parasites
  
• Plus précis : il peut être complété par sa localisation (microbiote intestinal, cutané, vaginal, buccal) pour désigner des écosystèmes distincts

Pourquoi le terme « flore intestinale » est-il encore si utilisé ?

Malgré l'évolution du vocabulaire scientifique, le terme « flore intestinale » reste très présent dans le langage courant et même dans certaines communications médicales et commerciales. Plusieurs raisons expliquent cette persistance :

• Le terme est ancré depuis des décennies dans le vocabulaire médical et grand public
  
• Il est intuitif et imagé : la métaphore du jardin parle aux gens
  
• Les moteurs de recherche le reflètent : beaucoup de personnes tapent encore « flore intestinale » plutôt que « microbiote »
  
• Le changement de vocabulaire scientifique met toujours du temps à se diffuser dans la population générale

C'est d'ailleurs pour cette raison que les deux termes coexistent encore aujourd'hui et qu'une page comme celle-ci est utile pour clarifier la situation.

Il n'y a pas qu'un seul microbiote

L'un des apports du terme « microbiote » est qu'il peut s'appliquer à différentes parties du corps. L'intestin n'est pas le seul organe à héberger un écosystème microbien :

• Le microbiote cutané : des milliards de micro-organismes vivent à la surface de notre peau, jouant un rôle dans la protection contre les agents pathogènes et la régulation de l'inflammation
  
• Le microbiote vaginal : dominé par les Lactobacillus, il protège contre les infections et joue un rôle dans la fertilité et la grossesse
  
• Le microbiote buccal : l'un des plus diversifiés après le microbiote intestinal, il influence la santé dentaire et peut avoir des répercussions sur la santé cardiovasculaire
  
• Le microbiote pulmonaire :  longtemps considéré comme stérile, les poumons abritent en réalité un microbiote propre, encore peu étudié

Quand on parle de « microbiote » sans précision, on fait généralement référence au microbiote intestinal, de loin le plus dense, le plus diversifié et le plus étudié.

Flore intestinale, microbiote et probiotiques

Que vous lisiez « flore intestinale » ou « microbiote intestinal » sur l'étiquette d'un complément probiotique ou dans un article de santé, il s'agit du même écosystème. Les probiotiques agissent sur cet écosystème en apportant des micro-organismes bénéfiques qui l'enrichissent et le rééquilibrent.

Questions fréquentes

Peut-on encore dire « flore intestinale » ?

Oui, tout à fait. Le terme est compris de tous et reste largement utilisé, y compris dans certains contextes médicaux. C'est simplement un terme ancien qui a été remplacé par « microbiote intestinal » dans la littérature scientifique actuelle. Utiliser l'un ou l'autre ne change rien à la réalité qu'ils décrivent.

Flore intestinale et flore bactérienne, c'est pareil ?

Presque mais pas tout à fait. La flore bactérienne désignait spécifiquement les bactéries intestinales, tandis que la flore intestinale (ou microbiote intestinal) englobe l'ensemble des micro-organismes : bactéries mais aussi virus, champignons et archées. La distinction est subtile mais réelle.

Pourquoi les médecins utilisent-ils encore parfois « flore intestinale » ?

Parce que le vocabulaire médical courant évolue plus lentement que la littérature scientifique spécialisée. Les médecins utilisent souvent les termes que leurs patients comprennent le mieux et « flore intestinale » reste plus intuitif pour beaucoup de gens que « microbiote intestinal ». Les deux termes coexistent donc sans problème dans la pratique clinique quotidienne.